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In welche Etappe der Kultur- und Stadtgeschichte Mühlhausens man auch Einblick nimmt, immer hat St. Marien - nach dem Erfurter Dom die zweitgrößte Hallenkirche Thüringens - eine wesentliche Rolle gespielt: Hier wurden im Mittelalter die kaiserlichen Rechtsentscheidungen verkündet, hier war die bevorzugte Begräbnisstätte der angesehensten Persönlichkeiten der Stadt, hier predigte Thomas Müntzer, Führer des Deutschen Bauernkrieges, hier wurde Fürstentag gehalten, hier erklang zum ersten Male die Ratswahlkantate des jungen Johann Sebastian Bach.
Als Architektur- und Geschichtsdenkmal, als Müntzergedenkstätte, als Begegnungsort mit Kunst und Kultur, als Austragungsort musikalischer Veranstaltungen und als Stätte des religiösen Lebens ist die Marienkirche auch heute aufs engste mit dem Geschick der Stadt und ihrer Bürger verbunden.
In dem 1975 säkularisierten und seither museal genutzten Bau findet der Besucher in verschiedenen Ausstellungsbereichen ein reiches historisches und kulturhistorisches Angebot.