Mit dem Bau der Stadtmauer in der ersten Hälfte des 13. Jhs. wurde der Raum südwestlich der Hauptpfarrkirche St. Blasii in die Kernstadt einbezogen. Dabei durchtrennte die neue Wehrmauer eine ältere Straßenverbindung, die ursprünglich über den heutigen Kristanplatz südlich an der Kirche vorbei über Untermarkt und Görmarstraße zur Unstrutfurt jenseits des Görmartores führte. Das von der Stadtmauer eingeschlossene, unbebaute Areal unmittelbar bei der 1227 vom Deutschen Orden erworbenen Blasiuskirche erwarben die Deutschordensbrüder der Altstadtkommende im Jahre 1262, um sich dort einen größeren, mehrseitigen Hof neu zu errichten.

Diesem Gebäudekomplex wurde vor 1295 eine der hl. Anna geweihte Kapelle angefügt, die auf eine Stiftung des Deutschordensbischofs Kristan von Samland zurückgeht, der Zeit seines Lebens seiner Mühlhäuser Heimatkommende eng verbunden war. Der kunstvoll gestaltete gotische Bau der Annenkapelle mit polygonalem Abschluss und kreuzrippengewölbtem Saal wurde um 1500 mit einem Kielbogenportal mit gekreuztem Stabgewände zur Stadtseite hin geöffnet. Diese später vermauerte Pforte wurde funktionslos, als 1715/16 an Stelle des mittelalterlichen Deutschordenshofs die neue Superintendentur errichtet wurde, von deren Eingangshalle aus man die Annenkapelle betritt. Der zweistöckige barocke Bau des heutigen Hauses der Kirche wurde 2011/12 aufwändig saniert und modernisiert. Mit mehreren Aufenthaltsräumen, dem großen Saal im Obergeschoss, dem Gemeindebüro im Erdgeschoss und dem ausgedehnten Garten an der Stadtmauer dient das Haus der Kirche den evangelischen Christen der Stadt als Gemeindezentrum.

Als ein weiteres Zeugnis der enormen Veränderungen, die in Mühlhausen mit Durchsetzung der Reformation einsetzten, hat auch der östlich des Hauses der Kirche gelegene große Fachwerkbau zu gelten. Den zur Kirche weisenden ältesten Teil mussten die Deutschordensbrüder noch 1566 auf dem Gelände ihrer Altstadtkommende auf eigene Kosten als Schule errichten und der Stadt zu Verfügung stellen. Das Ende einer seit 1227 Mühlhausen prägenden Präsenz des Deutschen Ordens war damals längs eingeläutet. Der Rat übernahm die Patronate über die Mühlhäuser Kirchen und das städtische Schulwesen, bis sich mit dem Ende der reichsstädtischen Epoche 1802 die Verhältnisse erneut grundlegend änderten.