Die ehemalige Blobachsmühle wurde 1313 erbaut und hatte ihren Standort neben dem Äußeren Frauentor. Zunächst wurde sie als Mahlmühle genutzt. Die Nutzung als Wollspinnerei und schließlich als mechanische Strickerei (1898) folgte. Durch ein Feuer 1983 musste das Gebäude abgerissen werden. Es erfolgte ein Wiederaufbau als Klinkerbau mit Wohnungen (Johannisstr. 18 / Blobach 1). Schaut man sich das Gebäude genauer an, kann man an der Fassade ein symbolisches Mühlrad entdecken.

Die ehemalige Graupenmühle erhielt ihren Namen durch die Produktion von Graupen. Sie befand sich in der Sondershäuser Straße 1 und lag am Mühlgraben, außerhalb der Stadtmauer. Der Herstellungsprozess aus Weizen- und Gerstenkörnern ähnelt der Herstellung von Grütze. Daher war die Mühle auch als „Hafergrützmühle“ bekannt.  Im Jahr 1774 wurde ein Wasserrad an das bestehende Haus angebaut. Später wurde die Mühle vielseitig, als Hanf-, Gewürzstampf-, Farben- und Knochenmühle genutzt. Im September 2000 wurde das Gebäude abgerissen.

Die ehemalige Große Steinbrückenmühle wurde 1305 erstmals erwähnt und gehörte zu den größten Mühlen der Stadt, mit eigenem Mühlgraben. Der Name wurde in Anlehnung an die nahegelegene Ammerbrücke (damals aus Stein) vergeben. Als Mahlmühle erbaut, wurde sie  später für andere Gewerke genutzt. Im Jahr 1594 wird hier der erste Kupferhammer in Mühlhausen installiert. Im Lauf der Geschichte gab es zahlreiche Überschwemmungen und Hochwasserschäden an der Mühle und am Wehr. Im 30jährigen Krieg diente die Mühle als Soldatenquartier. Ab 1905 siedelte sich auf dem Gelände ein Baugeschäft und Baumaterialhandel an. 1918 erfolgte der Einbau einer Turbine. Ab 1969 ist hier die PGH des Malerhandwerks und heute Autolackiererei zu finden. Der heutige Standort zählt zu den am besten erhaltenen Mühlen der Stadt.

Die ehemalige Feldmühle wird als Mahlmühle 1379 erstmals erwähnt. In der Mitte des 18. Jahrhunderts wird die Mühle mit einer Schleuse ausgestattet. Jedoch wurden das Wehr und die Schleuse mehrmals durch Hochwasser weggerissen. Im Jahr 1850 erfolgte die Umwandlung der Mühle in eine Garnspinnerei, die seit 1870 Mithilfe einer Dampfmaschine betrieben wurde. 1914 erfolgte der Bau einer Brücke über den Mühlgraben, dessen Brückengeländer noch heute vorhanden ist (Friedrich-Naumann-Straße/ Ecke Margaretenstraße). In den 1930er-Jahren war auf dem Gelände eine Kammgarnspinnerei und Färberei untergebracht. Das Gebäude wurde 1997 abgerissen und hier entstand ein Wohn- und Geschäftszentrum.

Im Jahr 1250 erfolgte die erstmalige Erwähnung der Pfuhlbrückenmühle (Hanfsackmühle), die somit die älteste Innenstadtmühle der Stadt ist. Sie wurde als Mahl- und Lohmühle genutzt. Bei einem Stadtbrand im Jahr 1487 wurde sie beschädigt und bei einem Feuer 1660 brannte sie vollständig ab.

Im Jahr 1665 wurde sie als Hanfsackmühle wieder aufgebaut. Beim Stadtbrand von 1689 brannte sie erneut ab und wurde anschließend wieder aufgebaut. Ab 1876 erfolgte der Einbau eines Dampfkessels. 1890 wurde die Mühle stillgelegt und teilweise abgebrochen. Im Jahr 1984 zerstörte ein Brand auch den Rest des Gebäudes. Heute ist auf dem einstigen Gelände eine Brücke zu finden.

Die erste Erwähnung der ehemaligen Kettenmühle erfolgte im Jahr 1418.  Sie wurde zur Metallbearbeitung (Kettenhemden, Harnische etc.) genutzt. Später erfolgte die Nutzung als Mahl- und Garnspinnmühle. Im Jahr 1864 war die Kettenmühle die erste Mühle der Stadt, die auf Dampfmaschinenantrieb umgestellt wurde. Im Jahr 1894 wurde das Gebäude durch einen Brand vernichtet. Am einstigen Standort befindet sich heute ein Wohngebäude.

Die ehemalige Kleine Steinbrückenmühle befand sich direkt gegenüber (hinter) der großen Steinbrückenmühle, auf der anderen Seite des Mühlgrabens. Um 1614 wurde sie als Mahlmühle erbaut. Im Jahr 1862 erfolgte ein Umbau zur Wollfabrik und zur Spinnerei. Ab 1910 wurden die Mühlräder entfernt und es erfolgte der Einbau einer Turbine. Das Gebäude wurde später zu einem Wohnhaus umgebaut. Heute sind keine Gebäudeteile mehr vorhanden, lediglich eine Mauer direkt am Mühlgraben zeugt von der einstigen Mühle.

Die ehemalige Lohmühle wurde durch den Ölgraben (Breitsülze alter Lauf) angetrieben. Sie wurde im Jahr 1858 errichtet und verfügte über eines der höchsten Gefälle. Im Jahr 1862 wurde das Gebäude während eines Gewitters beschädigt. Ab 1864 beherbergte das Gebäude eine Dampfspinnerei, die mithilfe eines Dampfkessels betrieben wurde. Ab 1912 war auf dem Gelände ein landwirtschaftlicher Betrieb untergebracht. Im Jahr 1954 erfolgte der Abbau des Mühlrades. 1956 konnte man noch die Wehre sehen.

Die ehemalige Malzmühle wird auch als Brücken- oder Entenbühlmühle bezeichnet. Sie wurde im Jahr 1252 erstmals erwähnt und ist damit eine der ältesten Mühlen der Innenstadt.  Auch ihre Nutzung im Laufe der Zeit ist immer gleich geblieben. Sie war immer eine Malzmühle. Im Jahr 1914 erfolgte jedoch der Abriss der Mühle und schaffte Platz für Neues. An deren Stelle wurde im Jahr 1937 der Entenbühlbrunnen errichtet, der heute noch zu sehen ist und ein lauschiges Plätzchen mit Sitzbänken zur Erholung darstellt.

Die ehemalige Meißnersmühle wurde 1388 erstmals erwähnt. Sie lag an der Schwemmnotte und war somit eine der Altstadtmühlen. Leider fiel sie im Jahr 1689 einem Stadtbrand zum Opfer und brannte völlig nieder. Sie wurde danach als Mahlmühle wiederaufgebaut. Im Jahr 1885 erfolgte eine kurzzeitige Stilllegung. Kurz darauf wurde sie  jedoch als Kalkmühle weitergenutzt. Das einstige Gebäude in der Meißnersgasse 7 wurde im Jahr 1989 abgerissen.

Erwähnt wurde diese Mühle erstmals 1526. Um 1820 erfolgte die Nutzung als Maschinenmühle. Mit dem Anbau an das Mühlengebäude (westliche Seite) 1893 durch den Besitzer Karl Werner wurde ein Dampfkessel integriert. 1922 errichtete man hier eine Metallwarenfabrik mit Eisengießerei (Karlswerk GmbH) und es kam zur Aufstellung eines Kupolofens. Das Mühlengebäude wird 1986 abgetragen.

Die ehemalige Papiermühle hatte als Besonderheit einen eigenen Mühlgraben, der von der Unstrut abgezweigte und wieder zugeführt wurde. Um 1450 wurde die Mühle erstmals als Eisenhütte erwähnt. Im Jahr 1586 wurde die damalige Walkmühle durch Hochwasser zerstört, welches sogar die Ammerbrücke wegriss. 1602 erfolgen der Wiederaufbau und die vielseitige Nutzung als Mahl-, Polier-, Lederwalk-, Ziegel-, Öl-, Holz- und Waschmühle. Im Jahr 1829 baute ein Onkel von Johann August Röbling die Mühle zur Papiermühle um. Im Jahr 1851 wurde die Mühle zur Spinnerei umgebaut. 1865 erfolgte der Einbau eines Dampfkessels.  Zahlreiche Unstrutüberschwemmungen, teilw. auch das Abrutschen der Uferböschung und Brände prägen die weitere Geschichte der Mühle. 1924 wird eine Turbine eingebaut. Ab 1970 wird die Mühle verstaatlicht und Teil des VEB Textilwerke Mühlhausen. Der Abriss des Gebäudes erfolgt 2002/2003 und ein Wiederaufbau als Pflegeeinrichtung 2011.

Die ehemalige Pfeffermühle wurde 1371 erbaut. Sie wurde erst als  Senfmühle und später als Mahl- und Gewürzmühle genutzt. Ab dem Jahr 1751 arbeitete sie als Walk-, Loh- und Waschmühle. Ab 1858 erfolgte der Einbau eines Dampfkessels und im Jahr 1890 der Abbau des Wasserrades. Zum Abriss des Gebäudes und der Errichtung von Neubauten auf dem Areal (heutiges Jakobiviertel) kam es im Jahr 1987. Der ehemalige Türsturz konnte bewahrt werden und befindet sich heute im Lapidarium hinter der Kornmarktkirche.

Die Entstehungsgeschichte der ehemaligen Pulvermühle ist unbekannt. Im Jahr 1620 wurde sie erstmals erwähnt. Wahrscheinlich wurde sie nur kurzzeitig als Pulvermühle in Betrieb genommen, da es durch die Nähe zur Innenstadt zu gefährlich gewesen wäre. Später wurde die Mühle als Stampfmühle für Färbeholz genutzt. Seit 1895 ging die Mühle in städtisches Eigentum über. Heute ist sie nicht mehr erhalten.

Die ehemalige Rabinzühle ist eine der wenig bekannten Mühlen der Stadt. Sie bestand nur kurze Zeit und befand sich in der Nähe der dicken Linde im Johannistal.  Sie wurde circa um 1700 erbaut und nach dem einstigen Besitzer mit dem Namen Rabinz benannt. Da sie nicht an einem Bachlauf lag wurde sie durch eine Quelle angetrieben. Leider versiegte diese nach einem Erdbeben.

Die ehemalige Rote Löwenmühle wurde im Jahr 1502 erbaut und zunächst als Papiermühle genutzt. Doch aufgrund starker Wasserverschmutzung erfolgte im Jahr 1580 der Umbau zur Mahlmühle.  Später kam es zu einer Umnutzung als Loh- und Spinnmühle. Ab 1902 gehörte die Mühle zum Besitz einer Eisengießerei. In den Jahren 1958-1965 wurde die Mühlentechnik abgebaut. Der Mühlstein wird heute im Foyer des Rathauses ausgestellt. Das Gebäude wurde später von der VEB Blech- und Biegemaschinen genutzt. Seit 1994 kam es immer mehr zum Verfall des Gebäudes und schließlich 2007 zum Abriss. Heute befindet sich auf dem ehemaligen Gelände ein Wohnpark.

Die Mühle am Popperöder Bach wird bereits 1290 als Popperöder Mühle erwähnt. Sie erhielt nach dem Umbau im Jahre 1546 den Namen Schneidemühle. 1786 wurde eine Walkmühle angebaut, später eine Ölmühle. 1821 trieben zwei oberschlächtige Mahlgänge diese beiden Mühlensysteme an. 1880 wurde die Mühle als Spinnerei betrieben und 1896 abgebrochen. Heute befindet sich hier die Kulturstätte Schwanenteich.

Die ehemalige Stegmühle befand sich im heutigen Ortsteil von Mühlhausen, in Görmar und lag am sogenannten Mühlgraben. Sie ist mit aller Wahrscheinlichkeit die erwähnte Mühle in der Urkunde vom Reichsstädtischen Archiv Mühlhausen von 1139. Sie wurde als Mahl-, Öl- und Lohmühle genutzt.

Ihren Namen hat die Stegmühle von einem Steg, der an ihrem Standort über die Unstrut führte. Im Jahr 1991 wurde das Mühlengebäude abgerissen. Auf dem einstigen Grundstück befinden sich heute Wohngebäude.  

Die sogenannte Untere Dorfmühle befand sich im heutigen Ortsteil von Mühlhausen, in Görmar. Sie lag nahe an einer Steinbrücke über die Unstrut und wurde deshalb auch Steinbrückenmühle genannt. Sie wurde als Mahlmühle und Walzmühle genutzt. Ab 1802 wird sie als Ölmühle in einer Übersicht geführt. Im Jahr 1883 kam es zum Umbau zu einer Wollgarnspinnerei. Viele Jahre gab es auf dem Gelände eine industrielle Nutzung, die bis in die Neuzeit reichte. 1990 wurden die Gebäude noch als Lager genutzt. 1997 erfolgte der Abriss.

Die ehemalige Windmühle am Mühlhäuser Stadtberg befand sich am heutigen Goetheweg. Sie wurde 1859 als Holländer-Turmwindmühle erbaut und bestand aus Ziegeln. Bis 1890 wurde sie als Mühle betrieben. Im Jahr 1904 eröffnete ein Kaffee-, Milch- und Kuchengeschäft. In den 80iger Jahres des 20. Jahrhunderts sollte sie wieder eine gastronomische Nutzung erfahren, doch wurde dieses Vorhaben nicht umgesetzt. Nach der Wende verfiel das Gebäude zunehmend und wurde 2004 saniert und zum Wohnhaus ausgebaut. Mit dem Erhalt konnte zumindest ein Bruchstück Mühlhäuser Mühlengeschichte sichtbar erhalten werden.

Die ehemalige Walkmühle befand sich im heutigen Ortsteil von Mühlhausen, in Görmar. Görmar liegt ebenfalls an der Unstrut. An einem Seitenarm des Mühlgrabens vor dem Unstrutwehr in Görmar befand sich die Walkmühle. Die gefertigte Walkware gehörte zum Tuchmacherhandwerk. Sogar im 19. Jahrhundert wurde die Mühle noch als Walkmühle genutzt. Spätestens jedoch mit einem Verkauf im Jahr 1925 endete der Mühlenbetrieb. Das Gebäude wurde in den Jahren um 1990 aus- und umgebaut und beherbergt heute ein Wohnhaus.

Die ehemalige Ziegelmühle befand sich am Unstrutabzweig vor dem Wendewehr, einem offiziellen „Mühlgraben“ von circa 1,6 km Länge. Am Mühlgraben hatten einst 5 Mühlen ihr Gewerk. Im Jahr 1355 entstand die Ziegelmühle, welche das Mahlen von Rohton als Gewerk hatte. Der Name der Ziegelstraße, die 1604 erstmals genannt wird, ist auf die Ziegelmühle zurückzuführen. Eine Ziegelhütte oder Ziegelei ist nicht nachgewiesen. Die Namensgebung für das Wendewehr, als das „Ziegelmüllerswehr“ wird auch auf die Ziegelmühle zurückgeführt. Schon im Jahr 1577 bestand die Mühle nicht mehr.