Die ehemalige Franziskaner-Klosterkirche „St. Crucis“ zählt deutschlandweit zu den bedeutendsten erhaltenen Bettelordenskirchen. Mit einer Länge von 65 Metern ist sie darüber hinaus eines der größten Beispiele ihrer Art in Thüringen. Errichtet wurde sie unter Verwendung romanischer Bauteile einer Vorgängerkirche in der 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts. Nach einem Erdfall wurden um 1350 der Chor und ein Teil der Südwand erneuert. Aus der Zeit nach 1400 stammt der gotische Turm, dessen Haube 1568 ausgeführt wurde.

Das zur Kirche gehörige Klosterareal zog sich ursprünglich nach Norden bis an den als Schwemmnotte bezeichneten innerstädtischen Bachlauf hin. Nach der Reformation wurden diese Gebäude komplett abgetragen. Während des Bauernkrieges war das Gotteshaus 1525 Versammlungsort der Aufständischen und hier wurden auch Geschütze für den Kampf gegossen. Die Kornmarktkirche ist daher einer der wichtigsten Orte jener für die Geschichte der Stadt höchst bedeutenden Ereignisse.

Die Kirche wurde durch ihre Funktion als Pfarrkirche und durch profanierte Umnutzung seit dem frühen 19. Jahrhundert vor dem Abriss bewahrt. Seit 1975 dient sie musealen Zwecken sowie als Konzert- und Tagungsstätte. Über die Zeit der Frühreformation sowie den Bauernkrieg informiert eine Dauerausstellung. Eine weitere Ausstellung thematisiert die wechselvolle Baugeschichte des ehemaligen Gotteshauses. Zudem laden im Außenbereich ein nach mittelalterlichen Vorbildern angelegter Klostergarten sowie ein Lapidarium mit Bauteilen historischer Gebäude zum Verweilen ein.