Als um 1270/80 der Grundstein für das erste Rathaus gelegt wurde, hatten sich in der im 12. Jh. begründeten Stadt Mühlhausen die Verhältnisse grundlegend gewandelt. Zusätzlich zum ältesten städtischen Kern um den Untermarkt mit der Blasii-Kirche war die Neustadt um Obermarkt und Marien-Kirche entstanden. Seit Mitte des 13. Jhs. umschloss und verklammerte die Stadtmauer diesen Raum, der immer dichter bebaut wurde. In dieser größer gewordenen, aufstrebenden Reichsstadt hatte im Konflikt mit königlichen Amtsträgern ein Rat als Vertretungsorgan der Bürgerschaft die Stadtherrschaft errungen.

Als Zeichen dieser neuen Ratsherrschaft wurde das Rathaus symbolträchtig genau in der Mitte Mühlhausens auf der Grenze zwischen Alt- und Neustadt errichtet. Von jenem ältesten Bau hat sich das Untergeschoss mit der markanten Durchfahrt der Ratsstraße erhalten. Nach einem Brand wurde das Obergeschoss um 1330 neu errichtet und das Rathaus durch einen Anbau im Westen beträchtlich vergrößert. Schließlich schufen weitere An- und Erweiterungsbauten ab 1569 einen ganzen Rathauskomplex, der unterschiedliche Bau- und Ausstattungsstile vereint. Die Rathaushalle im Obergeschoss des gotischen Kernbaus ist mit Deckengemälden des 14. und 18. Jhs. verziert.

Noch deutlich gesteigert ist die repräsentative Wirkung der Ratsstube, wo Wandmalereien des 15. und 17. Jh. mit der Darstellung von Kaiser und Reichsständen erhalten sind. Im südlichen Anbau des späten 16. Jhs. wurde das Reichsstädtische Archiv eingerichtet, das bis heute im originalen Mobiliar die schriftliche Überlieferung zur reichsstädtischen Geschichte Mühlhausens bewahrt. Vor allem die ältesten Gebäudeteile wurden nach dem Ende dieser Epoche wiederholt neu ausgestattet. 1911 wurde das Treppenhaus angefügt, das in den Fenstern an bedeutende Familien und Wirtschaftszweige der damals erfolgreichen Industriestadt erinnert, und die Eingangshalle erhielt eine Ausgestaltung, die Mühlhausens Zugehörigkeit zur sächsischen Provinz im Königreich Preußen dokumentiert.

Nach 1945 wurde das Rathaus als Wirkungsstätte Thomas Müntzers inszeniert, wovon die Büste am Treppenaufgang, ein Chronikzitat auf dem ersten Absatz und das große Gemälde in der Rathaushalle zeugen. Über Jahrhunderte hinweg blieb das Rathaus politisch-administratives Zentrum und Hauptrepräsentationsort von Stadt und Bürgerschaft. Dieses eindrucksvolle Baudenkmal dient Mühlhausen bis heute als „Gute Stube“ der Stadt für Versammlungen, kulturelle Veranstaltungen und Empfänge.

Führungen durch die Räumlichkeiten des historischen Rathauses können bei der Tourist Information Mühlhausen, Tel. 03601 404770 oder unter service@touristinfo-muehlhausen.de angefragt werden.