Die bauliche Vernachlässigung bis zum angedachten Abbruch nach der Entweihung der Kirche 1831 führte zu schweren Schäden und Verlusten an Bau und Ausstattung. Erst in den 1980er Jahren wurden Überlegungen für eine angemessene Nutzung angestellt, die mit der anspruchsvollen Verglasung der Kirchenfenster einhergingen. Die Sanierung der Doppelturmgruppe von 1992 bis 1997 verhinderte den drohenden Einsturz und ermöglichte die Rückführung der beiden erhaltenen Glocken aus dem 13. und 14. Jahrhundert in den Nordturm. Die 1917 eingeschmolzene dritte Glocke wurde mit Spenden von Bürgern aus der Partnerstadt Münster und Mühlhausen 2001 neu gegossen und ebenfalls im Nordturm aufgehängt.

Mit der Entscheidung für ein angemessenes Domizil der Stadtbibliothek in der Jakobikirche konnte diese bis 2004 unter Wahrung der baulichen Gestalt saniert werden. Sie prägt mit St. Marien und Divi Blasii das Stadtbild.

Vor der Sanierung konnten umfangreiche bauarchäologische Grabungen vorgenommen werden. Sie wiesen eine kleine steinerne Saalkirche aus dem Ende des 11. Jahrhunderts als Ursprungsbau der 1296 erstmals erwähnten Jakobikirche nach. Bis zur Inkorporierung in den Marienkirchensprengel in diesem Jahr hatte sie das Pfarrrecht, wie der mittelalterliche Friedhof zeigt. Mit einer ersten Erweiterung zu Anfang des 12. Jahrhunderts erhielt die Kirche einen massiven Westturm, der mit dem Bau des gotischen Langhauses seit 1307 abgebrochen wurde. Die 1335 abgeschlossene Einwölbung stürzte 1592 ein. Schließlich wurde im Jahr 1408 die Turmgruppe vollendet. Eine letzte barocke Erweiterung 1735 schuf die heutige Baugestalt.

Während der innerstädtischen Unruhen 1523 bis 1525 war die von den Leinenwebern geprägte Jakobigemeinde ein radikales Zentrum der Aufstandsbewegung.