Der Preis wurde nach Friedrich Christian Lesser, einem Nordhäuser Pfarrer, Naturwissenschaftler und Chronisten aus dem 18. Jahrhundert benannt. Seine Nachkommen Heinz und Annelies Lesser und ihr Sohn Andreas Lesser aus München errichteten 1992 die Friedrich-Christian-Lesser-Stiftung, die ihren Sitz in Nordhausen hat. Der Preis wird zum 5. Mal vergeben. Als Jury fungiert die namhafte „Historische Kommission für Thüringen“.
Zur Preisverleihung im Rathaus stellt der Geschichts- und Denkmalpflegeverein e.V. das aktuelle Sonderheft "Die Mühlhäuser Oberbürgermeister und Bürgermeister von 1803 bis 2012" vor.